Η ανακάλυψη του προήλθε όταν ένας βοσκός είχε ξαπλώσει για να προφυλαχθεί από τη βροχή κάτω από ένα θάμνο. Όταν επέστρεψε οι συγχωριανοί του είδαν αποτυπωμένη στο πουκάμισο του μια μορφή. Ο βοσκός και οι συγχωριανοί του επιστρέφοντας στο σημείο που είχε ξαπλώσει, ανακάλυψαν το Σπήλαιο , μέσα στο οποίο υπήρχε η εικόνα του Αγ. Ιωάννη του Προδρόμου. Έτσι λοιπόν κάθε χρόνο γιορτάζεται παραμονές του Αγ. Ιωάννη στις 28/8. Γίνεται λειτουργία με το φως των κεριών και το πλήθος προσκυνητών.
Εσωτερικά το Σπήλαιο έχει πλούσιο διάκοσμο από σταλακτίτες, σταλαγμίτες και σπηλαιόγαλα. Είναι το μεγαλύτερο των Κυκλάδων και ένα από τα καλύτερα της Ελλάδας. Φήμες λένε ότι η έκτασή του εκτείνεται υποθαλάσσια μέχρι την Ίο .
Για να μπορέσει κανείς να το θαυμάσει πρέπει να μπει γονατιστός για 4 μ. Με καλό φωτισμό , ο επισκέπτης μπορεί εκτός τη κεντρική αίθουσα να εξερευνήσει και τις υπόλοιπες αίθουσες όπως: ‘Το Νερό’ όπου σε μια σταλαγμιτική κοιλότητα μαζεύει πόσιμο νερό, ‘Το Σαπούνι’ όπου υπάρχει σπηλαιόγαλα, ‘Τις Καμπάνες’ όπου χτυπώντας τους σταλακτίτες ακούγεται ένας ήχος σαν καμπάνα, ‘Το Πιάνο‘ όπου χτυπώντας τους σταλακτίτες ακούγεται σαν μουσική και πολλές άλλες αίθουσες.

Προσοχή: Είναι καλό να έχετε μαζί σας κάποιον που να μπορεί να σας ξεναγήσει, αθλητικά παπούτσια και απαραίτητα φωτισμό.